Dalam hal aqidah, Imam Syafi'i memiliki wasiat yang sangat berharga.
Muhammad bin Ali bin Shabbah Al-Baldani berkata: "Inilah wasiat Imam Syafi'i yang diberikan kepada para sahabatnya,
'Hendaklah Anda bersaksi bahwa tiada Tuhan yang berhak disembah selain Allah Yang Maha Satu, yang tiada sekutu bagiNya. Dan sesungguhnya Muhammad bin Abdillah adalah hamba dan RasulNya. Kami tidak membedakan para rasul antara satu dengan yang lain. Sesungguhnya shalatku, ibadahku, hidup dan matiku hanya untuk Allah semata, Tuhan semesta alam yang tiada bersekutu dengan sesuatu pun. Untuk itulah aku diperintah, dan saya termasuk golongan orang yang menyerahkan diri kepadaNya. Sesungguhnya Allah membangkitkan orang dari kubur dan sesungguhnya Surga itu haq, Neraka itu haq, adzab Neraka itu haq, hisab itu haq dan timbangan amal serta jembatan itu haq dan benar adanya. Allah subhanahu wa ta'ala membalas hambaNya sesuai dengan amal perbuatannya. Di atas keyakinan ini aku hidup dan mati, dan dibangkitkan lagi Insya Allah. Sesungguhnya Al-Qur'an itu adalah kalam Allah, bukan makhluk ciptaanNya.
Sesungguhnya Allah di hari akhir nanti akan dilihat oleh orang-orang mukmin dengan mata telanjang, jelas, terang tanpa ada suatu penghalang, dan mereka mendengar firmanNya, sedangkan Dia berada di atas 'Arsy. Sesungguhnya takdir, baik buruknya adalah berasal dari Allah Yang Maha Perkasa dan Agung. Tidak terjadi sesuatu kecuali apa yang Allah kehendaki dan Dia tetapkan dalam qadha' qadarNya.
Sesungguhnya sebaik-baik manusia setelah Baginda Rasul shallallahu 'alaihi wasallamadalah Abu Bakar, Umar, Utsman dan Ali radhiallahu 'anhum. Aku mencintai dan setia kepada mereka, dan memohonkan ampun bagi mereka, bagi pengikut perang Jamal dan Shiffin, baik yang membunuh maupun yang terbunuh, dan bagi segenap Nabi. Kami setia kepada pemimpin negara Islam (yang berdasarkan Al-Qur'an dan As-Sunnah) selama mereka mendirikan shalat. Tidak boleh membangkang serta memberontak mereka dengan senjata. Kekhilafahan (kepemimpinan) berada di tangan orang Quraisy. Dan sesungguhnya setiap yang banyaknya memabukkan, maka sedikitnya pun diharamkan. Dan nikah mut'ah adalah haram.
Aku berwasiat kepadamu dengan taqwa kepada Allah, konsisten dengan sunnah dan atsar dari Rasulullah shallallahu 'alaihi wasallam dan para sahabatnya. Tinggalkanlah bid'ah dan hawa nafsu. Bertaqwalah kepada Allah sejauh yang engkau mampu. Ikutilah shalat Jum'at, jama'ah dan sunnah (Rasul). Berimanlah dan pelajarilah agama ini. Siapa yang mendatangiku di waktu ajalku tiba, maka bimbinglah aku membaca "Laailahaillallah wahdahu lasyarikalahu waanna Muhammadan 'abduhu warasuluh".
Di antara yang diriwayatkan Abu Tsaur dan Abu Syu'aib tentang wasiat Imam Syafi'i adalah,
"Aku tidak mengkafirkan seseorang dari ahli tauhid dengan sebuah dosa, sekalipun mengerjakan dosa besar, aku serahkan mereka kepada Allah Azza Wajalla dan kepada takdir serta iradah-Nya, baik atau buruknya, dan keduanya adalah makhluk, diciptakan atas para hamba dari Allah subhanahu wa ta'ala. Siapa yang dikehendaki menjadi kafir, kafirlah dia, dan siapa yang dikehendakiNya menjadi mukmin, mukminlah dia. Tetapi Allah subhanahu wa ta'ala tidak ridha dengan keburukan dan kejahatan dan tidak memerintahkan atau menyukainya. Dia memerintahkan ketaatan, mencintai dan meridhainya. Orang yang baik dari umat Muhammad masuk Surga bukan karena kebaikannya (tetapi karena rahmatNya). Dan orang jahat masuk Neraka bukan karena kejahatannya semata. Dia menciptakan makhluk berdasarkan keinginan dan kehendakNya, maka segala sesuatu dimudahkan bagi orang yang diperuntukkannya, sebagaimana yang terdapat dalam hadits. (Riwayat Al-Bukhari, Muslim dan lainnya).
Aku mengakui hak salaf yang dipilih oleh Allah subhanahu wa ta'ala untuk menyertai NabiNya, mengambil keutamaannya. Aku menutup mulut dari apa yang terjadi di antara mereka, pertentangan ataupun peperangan baik besar maupun kecil. Aku mendahulukan Abu Bakar, kemudian Umar kemudian Utsman kemudian Ali radhiallahu 'anhum. Mereka adalah Khulafaur Rasyidin. Aku ikat hati dan lisanku, bahwa Al-Qur'an adalah kalamullah yang diturunkan, bukan makhluk yang diciptakan. Sedangkan mempermasalahkan lafazh (ucapan seseorang yang melafazhkan Al-Qur'an apakah makhluk atau bukan) adalah bid'ah, begitu pula sikap tawaqquf (diam, tidak mau mengatakan Al-Qur'an itu bukan makhluk, juga tidak mau mengatakan Al-Qur'an itu makhluk") adalah bid'ah. Iman adalah ucapan dan amalan yang mengalami pasang surut. (Lihat Al-Amru bil Ittiba', As-Suyuthi, hal. 152-154, tahqiq Mustofa Asyur; Ijtima'ul Juyusyil Islamiyah, Ibnul Qayyim, 165).
Kesimpulan wasiat di atas yaitu:
Aqidah Imam Syafi'i adalah aqidah Ahlus Sunnah wal Jama'ah;
Sumber aqidah Imam Syafi'i adalah Al-Qur'an dan As-Sunnah. Beliau pernah mengucapkan: "Sebuah ucapan seperti apapun tidak akan pasti (tidak diterima) kecuali dengan (dasar) Kitabullah atau Sunnah RasulNya. Dan setiap yang berbicara tidak berdasarkan Al-Kitab dan As-Sunnah, maka ia adalah mengigau (membual, tidak ada artinya). Waallu a'lam." ( Manaqibusy Syafi'i, 1/470&475);
Manhaj Imam Syafi'i dalam aqidah menetapkan apa yang ditetapkan oleh Allah dan RasulNya, dan menolak apa yang ditolak oleh Allah dan RasulNya. Karena itu beliau menetapkan sifat istiwa' (Allah bersemayam di atas), ru'yatul mukminin lirrabbihim (orang mukmin melihat Tuhannya) dan lain sebagainya;
Dalam hal sifat-sifat Allah, Imam Syafi'i mengimani makna zhahirnya lafazh tanpa takwil (meniadakan makna tersebut) apalagi ta'thil (membelokkan maknanya). Beliau berkata: "Hadits itu berdasarkan zhahirnya. Dan jika ia mengandung makna lebih dari satu, maka makna yang lebih mirip dengan zhahirnya itu yang lebih utama." (Al-Mizanul Kubra, 1/60; Ijtima'ul Juyusy, 95).
Imam Syafi'i pernah ditanya tentang sifat-sifat Allah yang harus diimani, maka beliau menjawab, 'Allah memiliki nama-nama dan sifat-sifat yang telah dikabarkan oleh kitabNya dan dijelaskan oleh NabiNya kepada umatnya. Tidak seorang pun boleh menolaknya setelah hujjah (keterangan) sampai kepadanya karena Al-Qur'an turun dengan membawa nama-nama dan sifat-sifat itu. Maka barangsiapa yang menolaknya setelah tegaknya hujjah, ia adalah kafir. Adapun sebelum tegaknya hujjah, ia adalah ma'dzur (diampuni) karena kebodohannya, sebab hal (nama-nama dan sifat-sifat Allah) itu tidak bisa diketahui dengan akal dan pemikiran. Allah memberitahukan bahwa Dia memiliki sifat "Yadaini" (dua tangan), dengan firmanNya: "Tetapi kedua tangan Allah terbuka" (Al-Maidah: 64). Dia memiliki wajah, dengan firmanNya: "Tiap-tiap sesuatu pasti binasa, kecuali wajahNya" (Al-Qashash: 88)." (Manaqib Asy-Syafi'i, Baihaqi, 1/412-413; Ushul I'tiqad Ahlis Sunnah, Al-Lalikai, 2/702; Siyar A'lam An-Nubala', 10/79-80; Ijtima' Al-Juyusy Al-Islamiyah, Ibnul Qayyim, 94).
Kata-kata "As-Sunnah" dalam ucapan dan wasiat Imam Syafi'i dimaksudkan untuk tiga arti.
Pertama, adalah apa saja yang diajarkan dan diamalkan oleh Rasulullah, berarti lawan dari bid'ah.
Kedua, adalah aqidah shahihah yang disebut juga tauhid (lawan dari kalam atau ra'yu). Berarti ilmu tauhid adalah bukan ilmu kalam begitu pula sebaliknya.
Imam Syafi'i berkata: "Siapa yang mendalami ilmu kalam, maka seakan-akan ia telah menyelam ke dalam samudera ketika ombaknya sedang menggunung". (Al-Mizanul Kubra, Asy-Sya'rani, 1/60).
Ketiga, As-Sunnah dimaksudkan sebagai sinonim dari hadits yaitu apa yang datang dari Rasulullah selain Al-Qur'an.
Ahlus Sunnah disebut juga oleh Imam Syafi'i dengan sebutan Ahlul Hadits. Karena itu beliau juga berwasiat: "Ikutilah Ahlul Hadits, karena mereka adalah manusia yang paling banyak benarnya." (Al-Adab Asy-Syar'iyah, Ibnu Muflih, 1/231). "Ahli Hadits di setiap zaman adalah bagaikan sahabat Nabi." (Al-Mizanul Kubra, 1/60)
Di antara Ahlul Hadits yang diperintahkan oleh Imam Syafi'i untuk diikuti adalah Imam Ahmad bin Hanbal, murid Imam Syafi'i sendiri yang menurut Imam Nawawi : "Imam Ahmad adalah imamnya Ashhabul Hadits, imam Ahli Hadits." (Al-Majmu', 1/10).